„Ein verborgenes Leben“ thematisiert die Geschichte des aus dem oberösterreichischen Ort St. Radegund stammenden Bauerns Franz Jägerstätter und seiner Frau Franziska („Fani“). Gemeinsam bewirtschafteten sie einen Bauernhof und wurden dabei von einigen Helfern unterstützt, die bei ihnen wohnten.
Im Jahr 1940 werden Franz und ein weiterer Dorfbewohner namens Waldland zu einem Militärstützpunkt einberufen, um sich auf den Krieg vorzubereiten. Franz weigert sich jedoch, den Fahneneid auf Adolf Hitler zu schwören und die Kriegsanstrengungen zu unterstützen. Er sucht Rat bei Pfarrer Fürthauer, der ihm jedoch keine Unterstützung bietet, da die Kirche sich bereits mitschuldig gemacht hat. Auch der Bischof Fließer weist Franz' Bitte um Unterstützung zurück.
Franz' offene Ablehnung des NS-Regimes führt dazu, dass sich selbst Freunde und Nachbarn gegen ihn und seine Familie wenden. Die Nachbarn beginnen, seine Familie zu schikanieren, indem sie Dreck nach seinen Töchtern werfen und Fani auf der Straße bespucken. Trotz Folter bleibt er standhaft und verweigert weiterhin den Treueeid auf Hitler. Aufgrund seiner Überzeugungen wird er zum Tode verurteilt und schließlich hingerichtet.
Der Film, in dem August Diehl die Rolle des Franz Jägerstätter und Valerie Pachner die Rolle seiner Frau Fani spielt, basiert auf der Biografie „Er folgte seinem Gewissen. Das einsame Zeugnis des Franz Jägerstätters“ von Gordon Zahn. In „Ein verborgenes Leben“ beleuchtet Regisseur Terrence Malick die ethischen und moralischen Konflikte eines Mannes, der bis zum letzten Atemzug für seine Überzeugungen und seinen Glauben an die Menschlichkeit einsteht.