Johannes Betzler, genannt Jojo, ist ein Hitlerjunge in den letzten Monaten des Zweiten Weltkriegs. Immer an seiner Seite ist sein imaginärer Freund, Adolf Hitler, und sein realer Freund Yorki.
Während eines Jugendlagers unter der Führung von Hauptmann Klenzendorf, weigert sich Jojo ein Kaninchen zu töten und erhält daraufhin seinen Spitznamen, Jojo Hasenfuß (Jojo Rabbit). Entschlossen seinen Mut dennoch zu beweisen, gibt er beim Granatenwerfen alles, wird aber von einer an einem Baum abgeprallten Granate getroffen. Er überlebt, muss aber für einige Zeit zu Hause bleiben.
Hier trifft er auf dem Dachboden die Jüdin Elsa Korr, die von Jojo's Mutter versteckt wurde. Hin und hergerissen zwischen Nazi-Ideologie und seinem Unwillen zu töten, beginnt zwischen Elsa und Jojo eine Beziehung, die Jojos Überzeugungen in Frage stellt.
Bei einer Durchsuchung der Wohnung durch die Gestapo gibt Elsa sich als Jojos Schwester Inge aus. Der ebenfalls anwesene Hauptmann Klenzendorf überprüft Elsas Identität und auch wenn ihr ein Fehler beim Geburtsdatum passiert, verrät Klenzendorf sie nicht.
Als die Alliierten weiter auf Berlin zurückrücken und die letzten Tage des Dritten Reichs anbrechen, flieht Jojo zunächst und wird am nächsten Tag von sowjetischen Truppen gefasst und in einen Hinterhof gebracht. Hauptmann Klenzendorf, der ebenfalls gefangengenommen wurde, bezeichnet Jojo als Juden, woraufhin er freigelassen wird.
Zuhause gesteht er Elsa seine Liebe, die sie aber nur auf geschwisterlicher Basis erwidert. Der imaginäre Hitler wird mit einem Tritt aus dem Fenster befördert.