"Schatten in meinen Augen" thematisiert die dramatischen Ereignisse in Kopenhagen im Jahr 1945 während der deutschen Besatzung und beleuchtet die tiefgreifenden menschlichen Verluste und Traumata, die der Krieg mit sich bringt. Die Geschichte ist von einem folgenschweren Irrtum geprägt: Ein RAF-Luftangriff auf das Gestapo-Hauptquartier im Shellhus verfehlt teilweise sein Ziel, was zur Bombardierung einer nahegelegenen katholischen Schule führt. Diese Tragödie hat leider verheerende Auswirkungen auf Schüler und Lehrkräfte, die in dem Bombenhagel verwundet oder getötet werden.
Der Film präsentiert eine Vielzahl an Handlungssträngen, die ineinander greifen. Der junge Henry, der durch eine vorherige RAF-Attacke traumatisiert wurde, kämpft um seine Sprachfähigkeit und erhält Unterstützung von seiner Cousine Rigmor und deren Freundin Eva. Auch Teresa, eine junge Novizin, sieht sich mit einer schwierigen Situation konfrontiert, da sie versucht, ihren Glauben in der Nähe von Frederik, einem mit den Besatzern kooperierenden Polizisten, zu beweisen. Die Handlung erreicht ihren Höhepunkt, als der Luftangriff auf das Shellhus einen folgenschweren Fehler auslöst, der dazu führt, dass das Institut Jeanne d'Arc bombardiert wird.
Henry spielt eine wesentliche Rolle bei der Rettungsaktion nach dem Angriff, während Rigmor und Teresa in den Trümmern ums Leben kommen. Evas Eltern sind auf der Suche nach ihrer Tochter, die den Angriff überlebt hat und sich schließlich mit einem symbolträchtigen Akt der Nahrungsaufnahme in Sicherheit befindet.
"Schatten in meinen Augen" zeigt auf einfühlsame Weise die komplexen menschlichen Schicksale, die sich im Chaos des Krieges abspielen, und weist auf die tiefen seelischen Narben hin, die durch die Gewalt des Krieges entstehen können.